食品微生物實驗室環境作為質量管理人、機、料、法、環中的重要組成部分，《GB 4789.1—2016 食品安全國家標準 食品微生物學檢驗 總則》該標準作為了食品微生物學檢驗基本原則和要求。

評價食品品質的指示菌，間接地表示食品腐爛變質的程度及劣化程度。我國常用的是菌落總數、霉菌和酵母計數。 

評價食品安全性的致病菌，常見的食源性致病菌是重要的對象微生物，如沙門氏菌、志賀氏菌、單增李斯特氏菌、金黃色葡萄球菌、副溶血性弧菌等。目前我國食品安全國家標準基礎標準和產品標準中的致病菌指標包括沙門氏菌、金黃色葡萄球菌、副溶血性弧菌、大腸埃希氏菌O157:H7、單核細胞增生李斯特氏菌、阪崎腸桿菌等。 

評價食品的質量和安全性兩方面的指示菌，包括腸桿菌科、大腸埃希氏菌（大腸桿菌）、大腸菌群、糞大腸菌群等。我國常用大腸菌群，歐美常用腸桿菌科。  

中科檢測可以開展評估原料、半成品食品、最終產品和流程的安全性和功效，歡迎詢價。